คลาฟลิน เกิดที่เมืองอิปสวิช เทศมณฑลซัฟฟอล์ก ประเทศอังกฤษ[3] เป็นบุตรชายของ มาร์ค คลาฟลิน และ ซู คลาฟลิน พ่อของเขาทำงานเป็นเจ้าหน้าที่การเงินและแม่ของเขาทำงานเป็นผู้ช่วยครู เขามีพี่ชาย 2 คน และน้องชาย 1 คน โดยน้องชายของเขา โจเซฟ คลาฟลิน เป็นนักแสดงผู้มีผลงานในละครโทรทัศน์เช่น มหาศึกชิงบัลลังก์ และ ดาวินชี่ อัจฉริยะจอมอหังการ[4] แม้ว่าเขาจะเกิดที่เมืองอิปสวิชแต่เขาใช้ชีวิตในวัยเด็กและเติบโตที่เมืองนอริช เทศมณฑลนอร์ฟอล์ก

ในวัยเด็กคลาฟลิน ชื่นชอบและมีทักษะทางฟุตบอล โดยเขาเคยเป็นนักฟุตบอลของโรงเรียน และมีความตั้งใจจะเป็นนักฟุตบอลอาชีพของสโมสรฟุตบอลนอริชซิตี แต่กลับประสบปัญหาอาการบาดเจ็บหนักที่หัวเข่า ทำให้ไม่สามารถเป็นนักฟุตบอลอาชีพอย่างที่ตั้งใจได้ หลังจากนั้นเขาได้มีโอกาสแสดงละครเวทีของโรงเรียน และฉายแววความเป็นนักแสดงออกมาบนเวที พ่อแม่รวมถึงครูที่โรงเรียนจึงแนะนำให้เขาศึกษาต่อทางด้านการแสดง[3][5]

หลังจากที่เขาออกจากศูนย์ฝึกเยาวชนของสโมสรฟุตบอลนอริชซิตี[6]เขาได้ย้ายไปเรียนทางด้านการแสดงที่วิทยาลัยนอริช ซิตี ในปี ค.ศ. 2003[5] ก่อนจะย้ายไปลอนดอนเพื่อเรียนต่อที่สถาบันดนตรีและศิลปะการละครแห่งลอนดอน จนจบการศึกษาในปี ค.ศ. 2009[7]